iTunes Store operation failed. Missing 64-bit support. Missing recommended icon file.

証明書関係の問題をクリアしましたので、AppStoreに申請するために動作確認をしたあとArchiveして、Validate してみます。予想していたことではありますが、Validate でも多くのエラーが表示されました。

1行目は具体的な内容が書かれていないようなので飛ばします。
2行目。Missing 64-bit support. とあります。生成したバイナリが64ビット対応していないようです。対応するには、プロジェクトの Build Settings のページを開いて、Architectures の値を “Standard Architectures” に変更します。
この部分は、以前、 iOS5.1.1に対応する作業を行ったときに $(ARCHS_STANDARD_32_BIT) という値にしてありました。今回はこの値を変更するのですが、変更すると下記のような確認メッセージが表示されます。

Applications including an arm64 slice are not compatible with versions of iOS prior to 5.1.1
You can set your deployment target to iOS5.1.1 or later.
デプロイメントターゲットとして選択できるのが 5.1.1 以降になるよと書かれています。修正前の設定を確認してみたら 4.2 と書かれていました。かなり古い設定が残っていたようです。（今ネット上では iOS10 が話題になっていますから、なんという古い話をしているのかという感じですが）
3行目。CFBundleShortVersionStringに指定されているバージョン番号が現在のバージョンから上がっていないという指摘です。おっしゃる通りです。書き換えるのを忘れていましたので、書き換えます。
4行目と5行目。iPadに必要なアイコンファイルとして 76×76 と 152×152 が足りないという指摘です。アイコンのサイズバリエーションを作成するには、以前このブログで紹介した「iOSアプリのアイコンの一括リサイズをやってます」というサイトが便利です。
iOSアプリのアイコンの一括リサイズをやってます
今回もこのサイトを使って作ってみます。元になるファイルをアップロードするだけなので簡単です。
上記の修正を行ってから再度 Validate を行ったところ、問題なく通過しました。